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Resumen
La falta de organización en linajes discretos en la filogenia y la taxonomía del grupo anteriormente llamado protistas ha retrasado la comprensión de la historia evolutiva del grupo y la comparación de rasgos entre los miembros del mismo. En este estudio usamos una aproximación filogenómica para plantear hipótesis filogenéticas del grupo mencionado. Usamos una estrategia basada en el agrupamiento automático de ortólogos (OrthoMCL) para recuperar 72 grupos de ortólogos de 73 especies. Un árbol obtenido con el método de maxima verosimilitud fue estimado a partir de una supermatriz de datos. De manera general obtuvimos inferencias filogenéticas consistentes con publicaciones previas pero se observaron algunos patrones de ramificación inesperados con valores bajos de soporte. A pesar de la gran cantidad de genes de los grupos Opisthokonta, este clado aparece polifilético. No pudimos demostrar la monofilia de Excavata, muy probablemente debido a artefactos de atracción de ramas largas. Un segundo conjunto de datos fue construido luego de eliminar los sitios de rápida evolución/saturados. El test de Shimodaira-Hasegawa se calculó con el fin de verificar si nuestros datos e inferencias filogenéticas controvertían patrones de ramificación reportados previamente. Los resultados de los tests sugieren que las topologías propuestas en estudios previos no son significativamente mejores que las topologías propuestas en este estudio. Nuevas relaciones fueron encontradas dentro de los Opisthokonta, para dos especies, Thecamonas trahens y Capsaspora owczarzaki. Adicionalmente, algunas posiciones filogenéticas controversiales se encontraron para varios grupos eucariotas con nuestra aproximación filogenómica. En el estudio se discuten las relaciones de los grupos Alveolata y Stramenopila, siendo este ultimo grupo de especial interés para nuestro grupo de investigación. © 2016. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat. Todos los derechos reservados.Citas
Abascal, F., Zardoya, R., and Posada, D. (2005). ProtTest: selection of best-fit models of protein evolution. Bioinformatics, 21: 2104-2105.
Adl, S.M., Simpson, A.G., Farmer, M.A., Andersen, R.A., Anderson, O.R., Barta, J.R.,et al. (2005). The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists. J Eukaryot Microbiol., 52: 399-451.
Adl, S.M., Leander, B.S., Simpson, A.G., Archibald, J.M., Anderson, O.R., Bass, D., et al. (2007). Diversity, nomen-clature, and taxonomy of protists. Syst Biol. 56: 684-689.
Adl, S.M., Simpson, A.G., Lane, C.E., Lukeš, J., Bass, D., Bowser, S.S.,et al. (2012). The Revised Classification of Eukaryotes. J. Eukaryot. Microbiol., 59: 429-493
Altschul, S.F., Madden, T.L., Schäffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W.,et al. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res., 25: 3389-3402.
Baurain, D., Brinkmann, H., Petersen, J., Rodríguez-Ezpeleta, N., Stechmann, A., Demoulin, V., et al. (2010). Phylogenomic evidence for separate acquisition of plastids in cryptophytes, haptophytes, and stramenopiles. Mol Biol Evol., 27: 1698-1709.
Bodyl, A., Stiller, J.W., and Mackiewicz, P. (2009). Chromalveolate plastids: direct descent or multiple endosymbioses? Trends Ecol Evol., 24: 119-121; author reply 121-112.
Brinkmann, H., van der Giezen, M., Zhou, Y., Poncelin de Raucourt, G., Philippe, H. (2005). An empirical assessment of long-branch attraction artefacts in deep eukaryotic phylogenomics. Syst Biol. 54: 743-757.
Burki, F., Inagaki, Y., Bråte, J., Archibald, J.M., Keeling, P.J., Cavalier-Smith, T., et al. (2009). Large-scale phylogenomic analyses reveal that two enigmatic protislineages, telonemia and centroheliozoa, are related to photo-synthetic hromalveolates. Genome Biol Evol., 1: 231-238.
Castresana, J. (2000). Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. Mol Biol Evol., 17: 540-552.
Cavalier-Smith, T., & Chao, E.E. (2006). Phylogeny and megasystematics of phagotrophic heterokonts (kingdom Chromista). J Mol Evol, 62: 388-420.
Cavalier-Smith, T., & Chao, E.E. (2010). Phylogeny and evolution of apusomonadida (protozoa: apusozoa): new genera and species. Protist, 161: 549-576.
Chen, F., Mackey, A.J., Vermunt, J.K., and Roos, D.S. (2007). Assessing performance of orthology detection strategies applied to eukaryotic genomes. PLoS ONE, 2: e383.Corradi, N., & Keeling, P.J. (2009). Microsporidia: a journey through radical taxonomical revisions. Fungal Biol Rev., 23: 1-8.
Hampl, V., Hug, L., Leigh, J.W., Dacks, J.B., Lang, B.F., Simpson, A.G., et al. (2009). Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proc Natl Acad Sci U S A., 106: 3859-3864.
Harper JT., & Keeling, P.J. (2003). Nucleus-encoded, plastid-targeted glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) indicates a single origin for chromalveolate plastids. Mol Biol Evol., 20: 1730-1735.
Hess, P.N., & De Moraes Russo, C.A. (2007). An empirical test of the midpoint rooting method. Biol J Linn Soc Lond., 92: 669-674.
Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., and Miyata, T. (2005). MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment. Nucleic Acids Res., 33: 511-518.
Keeling, P.J., Burger, G., Durnford, D.G., Lang, B.F., Lee, R.W., Pearlman, R.E., et al. (2005). The tree of eukaryotes. Trends Ecol Evol. 20: 670-676.
Kuck, P., & Meusemann, K. (2010). FASconCAT: Convenient handling of data matrices. Mol Phylogenet Evol., 56: 1115-1118.
Leigh, J.W., Lapointe, F.J., Lopez, P., and Bapteste, E. (2011). Evaluating phylogenetic congruence in the post-genomic era. Genome Biol Evol., 3: 571-587.
Li, L., Stoeckert, C.J., Jr., Roos, D.S. (2003). OrthoMCL: identification of ortholog groups for eukaryotic genomes. Genome Res., 13: 2178-2189.
Mi, H., Lazareva-Ulitsky, B., Loo, R., Kejariwal, A., Vandergriff, J., Rabkin, S., et al. (2005). The PANTHER database of protein families, subfamilies, functions and pathways. Nucleic Acids Res., 33: D284-288.
Nozaki, H., Maruyama, S., Matsuzaki, M., Nakada, T., Kato, S., and Misawa, K. (2009). Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Mol Phylogenet Evol., 53: 872-880.
Ocana, K.A., & Davila, A.M. (2011). Phylogenomics-based reconstruction of protozoan species tree. Evol Bioinform Online, 7: 107-121.
Parfrey, L.W., Grant, J., Tekle, Y.I., Lasek-Nesselquist, E., Morrison, H.G., Sogin, M.L.,et al. (2010). Broadly sampled multigene analyses yield a well-resolved eukaryotic tree of life. Syst Biol., 59: 518-533.
Philippe, H., Lopez, P., Brinkmann, H., Budin, K., Germot, A., Laurent, J., et al. (2000). Early-branching or fast-evolving eukaryotes? An answer based on slowly evolving positions. Proc Biol Sci., 267: 1213-1221.
Price, M.N., Dehal, P.S., and Arkin, A.P. (2009). FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix. Mol Biol Evol., 26: 1641-1650.
Ruiz-Trillo, I., Burger, G., Holland, P.W., King, N., Lang, B.F., Roger, A.J., et al. (2007). The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative. Trends Genet., 23: 113-118.
Sebe-Pedros, A., de Mendoza, A., Lang, B.F., Degnan, B.M., Ruiz-Trillo, I. (2011). Unexpected repertoire of metazoan transcription factors in the unicellular holozoan Capsaspora owczarzaki. Mol Biol Evol., 28: 1241-1254.
Shimodaira, H., Hasegawa, M. (1999). Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference. Mol Biol Evol., 16: 1114.
Simpson, A.G.B., & Roger, A.J. (2004). The real ‘kingdoms’ of eukaryotes. Cambridge, MA: Cell Press
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